En la medida en que se identifiquen y caractericen amenazas potenciales sobre la calidad del agua subterránea es procedente establecer guías que intervengan dentro del proceso con el fin de prevenir efectos negativos y perdida de este bien.

Como parte del diagnóstico para el Plan de Manejo Ambiental de acuífero, del Golfo de Urabá, se identificaron actividades potencialmente contaminantes asociadas a la producción agrícola, el desarrollo urbano y la minería de material de arrastre; en cada caso se realizo la identificación de procesos que deberían intervenirse para evitar la contaminación del sistema acuífero

Respecto a la práctica agrícola, del banano y demás productos agroindustriales, se recomienda: la implementación de labranza de conservación, el diseño e implementación de barreras vivas, la implementación de la rotación de cultivos y cultivos de cobertura, la construcción de canales de drenaje, sistemas de riego y manejo de la nutrición con criterios de agricultura por sitio específico, el manejo de canales con coberturas vivas, la implementación de planes de biofertilización, el manejo ecológico y mecánico de arvenses, la intensificación de las labores culturales para el manejo de fitopatógenos, la disminución del uso de insecticidas sintéticos.

Además se propone la implementación de sistemas silvopastoriles. En cuanto a los vertimientos y manejo de residuos se propone el tratamiento de aguas residuales, la recirculación del agua, la recolección almacenamiento y disposición de residuos contaminado.

Para las actividades mineras se propusieron medidas generales para el manejo de las áreas de trabajo, el manejo de combustibles, el manejo adecuado de maquinaria y equipos y de los servicios generales y la capacitación de personal. Además, fueron propuestas buenas prácticas para cada uno de los tipos de extracción de material, para la minería de arrastre se propusieron medidas como el barrido homogéneo y la extracción alternada y por lotes, no explotar las terrazas de los ríos, la espera del cargue fuera del cauce, entre otras.

Para la extracción de cantera y arcillas se propone la realización de estudios geológicos de detalle, definir rutas de tránsito para evitar la compactación, el lleno de frentes abandonadas, entre otros.

Para las 21 actividades priorizadas respecto al desarrollo urbano se propusieron buenas prácticas. Respecto a las estaciones de servicio de combustibles realizar un adecuado monitoreo de los pozos de observación, realizar pruebas de hermeticidad a los tanques de almacenamiento, realizar mantenimiento a los pisos o zonas susceptibles de derrames, entre otras.

En la mayoría de las actividades es común encontrar prácticas asociadas al adecuado almacenamiento y disposición adecuada de los residuos, incluyendo los peligrosos y garantizar la impermeabilización de los pisos para evitar ingresos de agua al acuífero, asi como realizar la instalación  sistemas de tratamiento de aguas residuales y solicitar los respectivos permisos, entre otras.

En las actividades de pompas fúnebres y actividades relacionadas, se proponen prácticas relacionadas con la impermeabilización de las bóvedas y los programas de monitoreo de cadaverina y putrecina, entre otras.